Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : J. Cordier

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

1. Analyse de l’environnement et de la situation interne de l’entreprise, principaux modèles d’analyse
2. Stratégie et aptitude au changement
3. Stratégie de groupe dont stratégie financière

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite et orale 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Duvaleix-Treguer

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’UC Analyse concurrentielle vise à mieux appréhender l’environnement économique et concurrentiel dans lequel évoluent les entreprises agroalimentaires. Les étudiants acquerront ainsi une culture économique (vocabulaire et mécanismes économiques de concurrence entre entreprises) sur le fonctionnement des marchés. Les étudiants analyseront les interactions stratégiques licites et illicites des entreprises entre elles sur leurs marchés à partir d’un cas de l’Autorité de la Concurrence. 

Contenu de l'enseignement :

1. Analyse concurrentielle – outils de base
2. Stratégies d’entreprises en situation de concurrence imparfaite
   a. Monopole et discrimination des prix
   b. Exercice d’un pouvoir de marché
   c. Stratégies d’entreprises en situation oligopolistique
   d. Concentration des entreprises illustrée avec le cas de Perrier/Nestlé
3. 3. Stratégies d’entreprises et pratiques anticoncurrentielles
   a. Les ententes illustrées avec le cas de la pâte à papier
   b. L’abus de position dominante avec le cas sur Microsoft
   c. Les restrictions verticales avec le cas sur les crèmes glacées

Modalités d'évaluation :

• Travail en groupe : Présentation synthétique sur un A3 d’une décision de l’Autorité de la Concurrence (cas d’abus de position dominante ou d’ententes) et restitution orale
• Travail individuel : synthèse d’une page sur le cas étudié
• Travail en groupe additionnel pour les étudiants du cursus agroalimentaire : Analyse du positionnement concurrentiel d’une entreprise agroalimentaire et restitution orale de la matrice de Porter de l’entreprise

Volume horaire : 25.00 heures

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Connaître les fondements scientifiques des transferts d’eau dans le continuum Sol-Plante-Atmosphère.
• Construire un modèle de bilan hydrique et l’utiliser pour élaborer un diagnostic agronomique
• dans un contexte de sécheresse ou d’excès d’eau.
• Appréhender la gestion de l’eau à l’échelle de la parcelle et ses conséquences agronomiques (production) et environnementales (pollution, utilisation de la ressource).

Contenu de l'enseignement :

Cours et TD (8h) :

• Le contexte général de la gestion de l’eau en agriculture
• Les besoins en eau des cultures : l’évapotranspiration et le bilan hydrique
• Les transferts d’eau et de soluté dans les sols

Projet tutoré 1 (14h) :

• Partie 1 : Evapotranspiration de référence et paramètres climatiques
• Partie 2 : Bilan hydrique et irrigation
• Partie 3 : Transferts d’eau et de solutés dans les sols et la nappe

Modalités d'évaluation :

Évaluation orale par binôme (soutenance orale, 20 minutes)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Bissuel, A. Troccaz, Y. Fouad

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Favoriser l’initiative et acquérir un esprit critique pour répondre à des questions agronomiques et environnementales en matière de gestion de l’eau à différentes échelles (m², parcelle, bassin versant ou territoire) en prenant en charge la réalisation d’un mini projet de modélisation ou d’une étude de cas.
• Maîtriser les méthodes de mesures permettant de comprendre les écoulements de l’eau dans le sol (acquisition sur le terrain)
• Mobiliser des données acquises sur le terrain pour comprendre la dynamique de la nappe le long d’une versant ;
• Mettre en œuvre un bilan hydrologique sur deux bassins versants possédant des caractéristiques différentes (occupation du sol, extension spatiale des zones humides, topographie, pratiques agricoles)
• Évaluer les flux de nitrates à l’exutoire des bassins versants et étudier leurs variations temporelles selon les années hydrologiques. 

Contenu de l'enseignement :

Cours, TD (6h)

Projet tutoré 2 (12h) :

• Partie 1 : Présentation du sujet et prise en main de l’outil avec le(s) tuteur(s) du projet
• Partie 2 : Travail du groupe et présentation de l’état d’avancement du travail par le groupe au(x)
• tuteur(s) du projet.
• Partie 3 : Synthèse des résultats et rédaction de la note scientifique

Conférence(s) + une visite (6h)
Intervenant(s) : MétéoFrance, bureau d’étude, collectivité territoriale. 

Modalités d'évaluation :

Évaluation orale et synthèse écrite du projet de groupe

Volume horaire : 36.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Ombredane, O. Le Pape

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Apporter les connaissances concernant les milieux aquatiques (lacs, rivières, milieux estuariens et côtiers, océans) dans leurs structures et leurs fonctionnements hydrologiques, physico-chimiques,... de façon à permettre de comprendre la dynamique des ressources vivantes aquatiques.

Contenu de l'enseignement :

Différentes thématiques seront abordées conjointement sur l’ensemble des milieux aquatiques :

• Les caractéristiques morphologiques et hydrologiques ainsi que les mécanismes hydrodynamiques qui régissent la structure physico-chimique du milieu et ses fluctuations spatio-temporelles.
• Le déterminisme et la biogéographie de la production primaire, l’influence des paramètres hydrologiques (lumière et température), les flux et les cycles biogéochimiques des éléments qui la limitent.

Volume horaire : 15.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Ombredane

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC vise à approfondir les relations entre la structure des bassins versant et l’hydrologie ainsi que la physico-chimie des eaux superficielles et des nappes phréatiques. 

Contenu de l'enseignement :

Elle aborde :

• les influences des pratiques anthropiques sur ces milieux aquatiques ainsi que l’impact des zones tampons (zone humide, réseau bocager, …) sur la qualité de l’eau,
• quelques aspects de l’aménagement des cours d’eau (les principaux acteurs et textes législatifs, l’impact de certaines activités humaines et des modalités de gestion à titre illustratif)

Volume horaire : 15.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : O. Le Pape

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC a pour objectif de comprendre le fonctionnement des écosystèmes marins, depuis les milieux littoraux où s’opèrent les échanges entre le domaine terrestre et le milieu marin jusqu’à l’océan ouvert.

Contenu de l'enseignement :

Cette UC présente :

• les grandes caractéristiques des différentes chaînes trophiques marines et côtières et les facteurs naturels et anthropiques qui conditionnent la production biologique. 
• la diversité des relations entre les écosystèmes terrestres et marins, et plus particulièrement les différentes influences, généralement positives, des apports d’origine terrigène sur les écosystèmes littoraux ainsi que les perturbations anthropiques associées. 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Hamelin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

À partir de l’analyse de cas d’espèces et d’exemples concrets, il s’agit de proposer une introduction et de présenter quelques outils pour la modélisation en général et en biologie des populations en particulier. L’objectif est de sensibiliser l’élève ingénieur à l’intérêt de ce type d’approche pour aborder des questions fondamentales comme appliquées.
La démarche pédagogique repose sur une mise en situation en faisant une place importante à des Travaux Dirigés sur informatique. 

Contenu de l'enseignement :

Le programme d'enseignement est articulé autour des thématiques suivantes :

• Notion de systèmes dynamiques,
• Introduction à l’élaboration et à l’analyse de systèmes dynamiques en écologie,
• Ajustement d’un modèle à des données

Modalités d'évaluation :

Oral de restitution d’un travail d’analyse d’article scientifique

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Hamelin, C. Le May

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif est de montrer, au travers de l’étude des cycles de vie des agents pathogènes, comment formaliser les processus épidémiologiques permet de raisonner la protection des populations, tant animales que végétales. Aussi, les principes de mesure et de suivi des dynamiques épidémiologiques seront présentés. 

Contenu de l'enseignement :

• Eléments d’épidémiologie : latence, incubation, période infectieuse, et leurs mesures en conditions contrôlées
• Concepts : seuil épidémiologique, immunité de groupe, théorie de la vaccination
• Propagation spatiale des maladies et simulations in silico à l’échelle de la population sur la base des mesures réalisées en laboratoire à l’échelle de l’individu 

Modalités d'évaluation :

Oral de restitution d’un travail interdisciplinaire ou d’analyse d’article

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : L. Montagne, M. Kouba

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Comprendre le fonctionnement des ateliers « animaux » au sein d’une exploitation agricole, en lien avec les spécificités physiologiques des espèces d’intérêts
• Analyser et faire un diagnostic du fonctionnement de ces ateliers, afin de proposer des pistes d’évolution

Contenu de l'enseignement :

Les enseignements présentent des outils de gestion de l’information en élevage, de diagnostic et de conseil. Les données issues d’ateliers seront analysées lors de séances de travaux dirigés et permettront d’établir un diagnostic du fonctionnement de ces ateliers.
L’enseignement est organisé par type d’atelier d’élevages : bovins laitiers, bovins allaitants, porcs, volailles (chair et pondeuses)…
Les principes et bases théoriques sont abordés sous forme de cours et/ou de ressources en ligne.
Une ou plusieurs visites d’élevage viendront illustrer ces approches. Des études de cas appuieront les concepts développés dans le module.

Modalités d'évaluation :

Examen écrit individuel (2 h)

Volume horaire : 48.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : J.-M. Fraslin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC doit permettre aux étudiants d’appréhender différentes méthodologies expérimentales en biologie : culture cellulaire, clonage, quantification de l’expression de gènes, etc. Le choix de ces méthodes s’est porté sur leur universalité : ces approches sont applicables dans différents champs disciplinaires et thématiques, fondamentaux et appliqués. 

Contenu de l'enseignement :

Cours (10h) :

• Concepts théoriques et applications en recherche fondamentales et appliquées (méthodes de sous- ou sur-expression de gènes, modèles in-vivo, ex-vivo, applications) 

Travaux Pratiques (38h) :

• Clonage de gène, Culture cellulaire (eucaryote), Transfert de gène, RTPCRq

NB : Les TP utilisant des cellules vivantes, les étudiants sont informés du fait qu’ils devront parfois travailler en dehors des heures à l’emploi du temps. 

Modalités d'évaluation :

50 % Bonnes pratiques de laboratoire + 50 % Analyse d’articles et rédaction (sous forme de projet) de parties d’articles scientifiques à partir des données expérimentales.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Baron

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Donner aux étudiants les bases de la microbiologie alimentaire et les former à l’analyse microbiologique en agro-alimentaire.

Contenu de l'enseignement :

Cours (12h) :

• Principes des analyses microbiologiques des aliments et des surfaces et matériels entrant en contact avec l’aliment lors de sa préparation, le cadre réglementaire de ces analyses, leurs interprétations, leurs rôles en industries agroalimentaires pour garantir la sécurité sanitaire et améliorer la qualité des aliments. 
• Lien entre les analyses microbiologiques, la qualité microbiologique des aliments, la réglementation et les différents normes et référentiels de qualité sanitaire des aliments.
• Outils qualité (résolution de problème, diagramme d’Ishikawa, audit, etc…)

TD (12h) :

• Analyses microbiologiques d’aliments et de surfaces par des méthodes de références et des techniques rapides. Ils seront amenés à interpréter les résultats pour savoir si l’aliment est d’une qualité satisfaisante et s’il respecte la réglementation en vigueur.
• Validation du nettoyage et désinfection des surfaces par le contrôle microbiologique

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite finale (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Gouin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cet UC est de donner, dans une première partie, les grandes bases du marketing agroalimentaire.

Contenu de l'enseignement :

Cours (24h) :

• Évolution du marketing agro-alimentaire, les concepts, démarche et outils
• Marketing stratégique : segmentation, ciblage et positionnement
• Marketing opérationnel : politiques de produit, de prix, de distribution et de communication
• Étude de cas d’application

Modalités d'évaluation :

Contrôle écrit (1h)

Volume horaire : 26.00 heures

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif est bien de comprendre comment fonctionne un stock exploité, quel est l’impact de la pêche et sur quels principes baser la gestion des stocks halieutiques. 

Contenu de l'enseignement :

Le cours théorique est complété par des Travaux Dirigés (TD) qui permettent aux étudiants de manipuler les concepts et méthodes au travers d'études de cas et de l'utilisation de logiciels de simulation.

Cours :

• Notions de stock, effort, puissance de pêche. Relations instantanées
• Relations exploitation / abondance/productivité biologique : introduction aux modèles globaux
• Relations diagramme d'exploitation / structures démographiques / productivité : introduction à l'approche structurale
• Relations stocks / recrutement : approche dite « de précaution ».
• Analyse des cohortes et gestion au Rendement maximum durable (RDM)

TD :

• Gérer une pêcherie

Les modèles usuels sont ici présentés en tant que formalisation mathématique des mécanismes fonctionnels intervenant au sein des populations exploitées.

Modalités d'évaluation :

• Examen (sur liste de sujets prédéterminés) : 50%
• Contrôle continue (rendus de TD + exposé) : 50%

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Ridier, S. Duvaleix-Treguer

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir une culture générale (découverte) sur les grandes caractéristiques des principales filières agricoles en France
• Acquérir une grille d’analyse de l’organisation/fonctionnement des filières. Comprendre les relations verticales entre les maillons des filières
• Comparer des filières entre elles (rôle de organisations de producteurs/coopératives, des interprofessions, …).
• Évaluer les conséquences d’un cahier des charges-filière sur le fonctionnement technico- économique d’une exploitation à l’aide d’un outil de simulation économique

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est de mobiliser des informations techniques et économiques pour analyser les arbitrages technico-économique de l’exploitation agricole engagée dans un projet de filière-qualité (arbitrage entre ateliers et/ou entre productions) . Il s’agit de construire un outil d’aide à la décision permettant d’évaluer les conséquences d’un cahier des charges entre industriel et agriculteur)

Exemples d’études de cas :

• Étude du cahier des charges de la filière Bleu Blanc Cœur pour les producteurs laitiers et l’entreprise laitière
• Étude du cahier des charges de la filière blé dur de qualité pour les agriculteurs et les industriels

Modalités d'évaluation :

Dossier + examen écrit

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Ridier, S. Duvaleix-Treguer

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Interpréter les résultats économiques et financiers d’une entreprise et les resituer dans le contexte professionnel et sectoriel.
• Réaliser un diagnostic économique et financier de l’entreprise à partir des données disponibles (données comptables, techniques, législatifs, enquêtes, articles de presse, …) et comparer les résultats à des références sectorielles

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est d’acquérir les méthodes d’élaboration du diagnostic financier de l’entreprise, à partir des principaux supports de l’analyse financière (documents comptables financiers, connaissance de l’entreprise dans son environnement, connaissance des critères des professionnels). Le cours s’appuie sur des études de cas d’entreprises du secteur agroalimentaire et sur le cas de l’exploitation agricole.

Forme pédagogique :

• Cours + TD : environ 28h
• Visites : 4h
• Intervenants : 4h
• Projet sur étude de cas : environ 16h
• Terrain : entreprises agricoles et agroalimentaires

Modalités d'évaluation :

Dossier + examen écrit

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A.-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir et mettre en application les bases des principes de l'agroécologie et de l'écologie industrielle aux spécificités des filières de productions animales
• Assimiler et mobiliser à différentes échelles (atelier, élevage, filière, territoire) :
  1/ des méthodes d’évaluation courantes,
  2/ des démarches de mise en place de pratiques relevant de l'agroécologie ou de l’écologie industrielle

Contenu de l'enseignement :

L’enjeu de cette UC est de :

1. resituer les exploitations agricoles au sein des territoires et filières et de comprendre leur fonctionnement ;
2. développer une démarche d’analyse des systèmes étudiés afin d’identifier des pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle, de mettre en place de nouvelles pratiques et de les évaluer.

Elle s’appuie sur des apports théoriques disciplinaires visant à définir et illustrer l’agroécologie et l’écologie industrielle dans les productions animales mais aussi des apports méthodologiques.
Ces apports permettront ensuite une mise en situation (illustrations par des cas d’études et mise en place de pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle).

Modalités d'évaluation :

Projet avec présentation orale + examen écrit

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Largouët, M. Emily

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Etre capable d’écrire, d’exécuter et de debugguer les algorithmes classiques en langage Python
• Maîtriser le logiciel R pour la représentation de variables statistiques.

Contenu de l'enseignement :

Après une prise en main des fondamentaux du langage Python, les outils spécifiques à la programmation scientifique sont présentés et mis en œuvre dans l’implémentation d’algorithmes classiques.

• Les bases générales du langage Python
• Librairies scientifiques pour le calcul numériques (numpy et scipy) et la visualisation numérique
• Concepts objets en Python

Dans une seconde partie, des aspects de programmation avec le logiciel R seront abordés. Les thèmes suivants seront principalement traités :

• Introduction/Rappel sur le logiciel R
• Programmation fonctionnelle avec R
• Introduction à la programmation objet avec R 

Modalités d'évaluation :

Évaluation sur projets encadrés

Volume horaire : 16.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Michot, Y. Fouad

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition des bases fondamentales en réglementation, management et outils de diagnostic environnemental des entreprises et ou des filières agricoles.

Contenu de l'enseignement :

• Introduction générale aux écotechnologies
• Droit de l’environnement et présentation des ICPE
• Management environnemental (exemple de la Norme ISO 14001)
• Méthodes d'évaluation des performances environnementales :
  1) Water Footprint
  2) Analyse du Cycle de Vie (ACV)
  3) Bilan Carbone © 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit + synthèse bibliographique courte 

Volume horaire : 24.00 heures

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquérir les leviers pour réduire les impacts environnementaux des activités humaines, agricoles ou non.

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement est organisé selon 2 axes. Le premier sera dédié à la gestion des déchets et le deuxième sera en relation avec la maîtrise de la demande énergétique. 

Axe 1 : Gestion des déchets (12h) :

• Les déchets : flux, principales caractéristiques, filières et impacts
• Le processus de compostage
• Le vermicompostage : Une méthode innovante et biologique de traitement des effluents
• La méthanisation une valorisation énergétique et organique des déchets
• Recyclage et valorisation des boues de station d’épurations

Axe 2 : Emission des GES - Energies renouvelables et transition énergétique (12h)

• Effet de serre : bases physiques
• Processus d’émission des GES : sols et écosystèmes
• Emission des GES : bâtiments d’élevage
• Bilan des GES
• Energies renouvelables et transition énergétique

Visite d’une unité de méthanisation et d’un parc éolien (8h) 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit + synthèse bibliographique courte 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Jubault, F. Lecerf

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

Bioinformatique (4h de cours / 4h de TD) :

• Concept + TD : analyse moléculaire d’une région QTL par des outils de bioinformatique

Génomique fonctionnelle et structurale (16h de cours) :

• Méthodes permettant l’accès aux éléments régulateurs et acteurs de la transmission de l’information génétique (encode, épigénome, transcriptome, métabolome, organisation nucléaire)

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Jubault

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

• Génétique quantitative :  (6h de cours)
  Héritabilité, modèle additif, déséquilibre de liaison, diversité génétique
• Recherche de QTL par liaison et association (4h de cours / 4h de TD)
  Recherche de QTL, analyse de la structuration des populations génétiques et les outils (marqueurs moléculaires) 
• Biotechnologies végétales : (10h de cours)
  Mutagénèse classique, New Breeding Techniques, haplodiploïdisation, stérilité mâle cytoplasmique

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition de connaissances et de compétences concernant l’amélioration génétique des espèces d’élevages.

Contenu de l'enseignement :

 L'enseignement est composé de 4 parties :

1. Les bases de la génétique quantitative
2. L’évaluation génétique et le progrès génétique
3. L'organisation de la sélection et le croisement
4. La sélection génomique

L’acquisition des connaissances théoriques est complétée par un TD (6h) permettant aux étudiants de prendre le rôle d’un éleveur sélectionneur de bovins allaitants. Une rencontre avec des professionnels est également prévue. 

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Nau

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC a pour objectif d'expliquer le rôle des différentes catégories d’ingrédients alimentaires, sur la base de raisonnements physico-chimiques.

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement est majoritairement constitué de cours magistraux, tout en s’appuyant sur des exemples d’applications concrètes issues du secteur agroalimentaire. Cette orientation est particulièrement marquée (démonstration d’ingrédients et produits finis) pour les interventions faites par les professionnels du secteur industriel, ainsi que lors d’une séance de synthèse autour d’un commentaire d’étiquettes de produits alimentaires existants.
Le programme est construit autour des grandes fonctions technologiques expliquant l’utilisation des principales catégories d’ingrédients par l’industrie alimentaire :

1. De la recette traditionnelle à la formule industrielle : pourquoi les ingrédients et additifs ?
2. Les ingrédients et additifs techno-fonctionnels
   2.1. Élaborer et/ou stabiliser une texture
   2.2. Assurer la stabilité chimique et microbiologique
   2.3. Restituer et/ou renforcer le goût et la couleur
3. Synthèse : commentaire d’étiquettes de produits alimentaires

Modalités d'évaluation :

Examen individuel sur table (1h) : commentaire argumenté d’une étiquette de produit alimentaire se trouvant sur le marché.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Deglaire

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Le consommateur actuel est de plus en plus sensibilisé à l’importance de la qualité nutritionnelle des aliments sur sa santé, notamment par les médias, par les actions de prévention de santé publique, mais également par les industries agro-alimentaires qui cherchent à améliorer leurs produits.
Cependant, les différents aspects que revêt la notion de qualité nutritionnelle ne sont pas toujours bien compris. Cette UC a pour objectif d'apporter les éléments nécessaires pour mieux appréhender cette notion.

Plus précisément, ses objectifs sont de :

• Connaître les déterminants et méthodes d’évaluation de la qualité nutritionnelle des aliments
• Connaître l’impact des traitements technologiques sur la qualité nutritionnelle
• Connaître les principes fondamentaux de la réglementation sur l’étiquetage nutritionnel et les allégations
• Être capable d’émettre un avis critique sur la qualité nutritionnelle telle que présentée dans les médias

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement de cette UC est divisé en 5 parties :

1. Évaluation de la qualité nutritionnelle des aliments
2. Impact de la structure des aliments sur leur qualité nutritionnelle
3. Composition nutritionnelle et profil nutritionnel
4. Étiquette nutritionnelle et comportement du consommateur
5. Débat autour de l’alimentation industrielle 

Modalités d'évaluation :

Analyse critique d’un documentaire (50%) + examen sur table (50%)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition de connaissances et de compétences concernant l’amélioration génétique des espèces d’élevages.

Contenu de l'enseignement :

 L'enseignement est composé de 4 parties :

1. Les bases de la génétique quantitative
2. L’évaluation génétique et le progrès génétique
3. L'organisation de la sélection et le croisement
4. La sélection génomique

L’acquisition des connaissances théoriques est complétée par un TD (6h) permettant aux étudiants de prendre le rôle d’un éleveur sélectionneur de bovins allaitants. Une rencontre avec des professionnels est également prévue. 

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A.-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’enjeu de cette UC est de :

1. resituer les exploitations agricoles au sein des territoires et filières et de comprendre leur fonctionnement ;
2. développer une démarche d’analyse des systèmes étudiés afin d’identifier des pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle, de mettre en place de nouvelles pratiques et de les évaluer. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC s’appuie sur des apports théoriques disciplinaires visant à définir et illustrer l’agroécologie et l’écologie industrielle dans les productions animales mais aussi des apports méthodologiques (intervenants : A.-L. Jacquot, Y. Le Cozler, L. Montagne).

Ces apports permettront ensuite une mise en situation (illustrations par des cas d’études et mise en place de pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle) (intervenantes : A.-L. Jacquot, L. Montagne). 

Modalités d'évaluation :

Projet avec présentation orale + examen écrit

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : E. Réveillac, D. Ombredane

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC vise à présenter les aspects fonctionnels, physiologiques, adaptatifs et comportementaux des espèces aquatiques animales qui leur permettent de s'adapter à un environnement spécifique, d'y survivre et de se renouveler. Son objectif est de de donner des bases pour appréhender dans d’autres cours la dynamique des ressources et la dimension écosystémique de leur gestion.

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement se décompose en 2 parties :

Partie théorique - E. Réveillac, D. Ombredane, H. Le Bris (30h)
Cette partie est abordée par le biais de 3 groupes majeurs : mollusques, crustacés et poissons. Elle s’attache caractériser les organismes par leur anatomie constitutive et à décrire la spécificité pour les milieux aquatiques des fonctions physiologiques et biologiques fondamentales que sont l’alimentation, la croissance, la respiration, la locomotion, l’osmorégulation et la reproduction. Des aspects comportementaux comme les déplacements et les migrations et plus largement écologiques sont aussi abordés. Une séance de travaux pratiques (6h) visant à identifier au niveau spécifique un panel d’organismes aquatiques de ces trois grands groupes vient finaliser ces enseignements théoriques.

Travail personnel - E. Réveillac, D. Ombredane (20h)
S’en suit une partie de travail personnel réalisé par chaque étudiant consistant à décrire la biologie et l’écologie d’espèces d’intérêt halieutique et/ou patrimoniale en mettant ces informations en vis-à-vis du type d’exploitation et/ou des modes de gestion de l’état des ressources ciblées. Il s’agit pour l’étudiant de rassembler une base bibliographique de connaissances sur l’espèce choisie, d’en décrire le cycle biologie et écologique et la cadre d’exploitation. 

Modalités d'évaluation :

• Examen final écrit individuel réalisé sur la base des enseignements théoriques (coef. 0.6)
• Restitution du travail de synthèse bibliographique en binôme par le biais d’un rapport écrit (coef.0.2) et d’une présentation orale (coef. 0.2) devant l’ensemble des étudiants participants à l’UC.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Huchet, C. Laroche Dupraz

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir des éléments de culture de l’histoire de la pensée économique ;
• Maîtriser les raisonnements de base qui fondent les principales analyses économiques des politiques macroéconomiques nationales et les politiques commerciales internationales (finances publiques, taux d’intérêt, commerce, taux de change, …) qui guident les décideurs publics et privés. 

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement est organisé en 3 parties.

1. Histoire de la pensée : quelques repères (8 h) - S. Lucas

• Initiation à l’histoire de la pensée économique via un balayage des grands auteurs qui ont marqué l’évolution des cadres de référence en économie générale.
• Chapitre 1 : Du mercantilisme à la naissance du libéralisme
  1. Les premières analyses monétaires et le mercantilisme
  2. Les physiocrates
  3. L’école classique
• Chapitre 2 : le Marxisme
  1. Contexte économique et sociale des prémisses du socialisme 2.La valeur travail selon Marx 
• Chapitre 3 : La révolution marginaliste à la théorie Keynésienne
  1. Les écoles de pensées marginalistes: la relecture de la valeur
  2. Keynésianisme et interventionnisme
  3. Renouveau libéral et néo-keynésianisme 4.La nouvelle microéconomie
• Chapitre 4 : Les institutionnalistes
  1. Courant « anciens »
  2.Courant « moderne »

2. Politiques économiques (12h de cours, 4h d’étude de cas) - M. Huchet

• Chapitre 1 : L’équilibre économique en économie fermée : le modèle IS-LM.
  1. L’équilibre sur le marché des biens et services et sur le marché de la monnaie: confrontation de l’offre et de la demande
  2. Conséquence de la mise en œuvre d’une politique budgétaire et/ou monétaire expansionniste/restrictive
• Chapitre 2 : La politique économique en économie ouverte : le modèle IS-LM-BP
  1. Détermination de la balance des paiements
  2. Relation entre le taux de change et la balance commerciale
  3. Conséquence de la mise en œuvre d’une politique budgétaire et/ou monétaire expansionniste/restrictive
• Chapitre 3 : Le policy mix en UEM
  1. Construction de la zone euro
  2. Rôle et pouvoir des autorités
  3. Politique économique et crise financière : étude de cas

3. Les théories du commerce international (12 h + 4h de TD et de jeu) - C. Laroche Dupraz
Cette partie utilise principalement l'analyse graphique pour initier à l'analyse économique sans rentrer
dans la formalisation. Des références bibliographiques sont disponibles pour un approfondissement.

• Chapitre 1 : Les théories classiques, fondements de l’analyse en équilibre partiel
  1. Théorie des échanges : causes de la spécialisation et conséquences de l’ouverture aux frontières.
  2. Approche de Ricardo : productivités différentes entre pays, spécialisation selon les avantages comparatifs. [Séquence jeu]
  3. Extensions du modèle de Ricardo aux coûts marginaux croissants, mobilité des facteurs. Modèle néoclassique d’échange international. [Séquences TD]
  4. Passage de l’équilibre général à l’équilibre partiel
• Chapitre 2 : Le renouvellement récent des théories de commerce international
  1. Espace et géographie en économie internationale, le modèle de gravité
  2. Entreprises multinationales, mondialisation et commerce
  3. Nouvelle économie géographique, prise en compte de l’hétérogénéité des firmes
• Chapitre 3 : Les politiques commerciales : effet des instruments douaniers
  1. Analyse en équilibre partiel d’instrument largement utilisés dans le monde pour le secteur agricole et agroalimentaire : droit de douane, quota, subvention aux exportations…

Modalités d'évaluation :

• Lecture d’articles fondateurs (coef ½)
  Les étudiants doivent lire quelques extraits d’articles ou d’ouvrages fondateurs de grands auteurs de l’histoire de la pensée économique, mis à leur disposition.
  Évaluation individuelle de l’activité : réalisation d’un résumé (2 pages) visant à restituer les éléments principaux du texte étudié. Le résumé est à rendre au plus tard :
  - à la date de l’évaluation si le module s’étale sur plus de 4 semaines,
  - 2 semaines après la fin du modules si le module s’étale sur moins de 4 semaines.
  8 heures sont dégagées à l’emploi du temps pour l’avancement de ce travail personnel.
• Examen de connaissances (coef ½) - 2h 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Le Ralec, M. Carof

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Connaître les différentes acceptions du terme « Agroécologie »
• Connaître les fondements scientifiques et techniques à la base de l'agroécologie, y compris dans les dimensions socio-économiques
• S’approprier des méthodes pour étudier des systèmes de production agroécologiques
• Appréhender les perspectives d'évolution des systèmes de production agricoles dans ce contexte 

Contenu de l'enseignement :

Présentation de l'agroécologie selon ses différentes acceptions (cours, TD)

• Bases scientifiques et techniques de l'agroécologie (cours, TD, visite(s) d'exploitation) : fonctions écologiques et services écosystémiques ; exemples de pratiques et systèmes techniques agroécologiques en productions végétales et animales
• Approches socio-économiques de l'agroécologie (cours, TD)

Les TD, basés sur du travail en groupe, incluront des approches de terrain et de simulation, permettant de découvrir des méthodes d'étude des services écosystémiques et des pratiques agroécologiques. 

Modalités d'évaluation :

• Évaluation des travaux de groupe (rapport et/ou exposé)
• Évaluation individuelle des connaissances par un examen final écrit 

Volume horaire : 29.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : V. Lollivier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'objectif de cette UC est de présenter les mécanismes cellulaires de base indispensables à la compréhension du fonctionnement général d’une cellule et à l’élaboration des phénotypes.

Contenu de l'enseignement :

1. Signaux et contraintes (les différents types de signaux que peut recevoir une cellule animale / la surface de la cellule : jonctions, récepteurs, canaux…)
2. Cellules souches, différenciation et spécialisation cellulaire
3. Signalisation et communication intra-cellulaire (les principales voies de signalisation intracellulaire / la dynamique cellulaire (balance prolifération/apoptose), les mécanismes de  cytotoxicité)
4. Signalisation et communication
5. Régulations (les régulations nucléaires / les régulations post-traductionnelles)
6. Immunologie générale (description de différents types cellulaires, de réponses cellulaires, de coopération….)

Modalités d'évaluation :

Examen écrit (1h)

Volume horaire : 20.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : V. Lollivier, J. Flament

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'objectif de cette UC est de  présenter les principaux déterminants de l’élaboration des produits animaux et des performances zootechniques des animaux d’élevage.

Contenu de l'enseignement :

Au travers de séances de travaux pratiques et de TD, il s’agit de :

• décrire les produits animaux (viande, lait, œufs) et leurs caractéristiques qualitatives
• découvrir les mécanismes physiologiques cellulaires et tissulaires régissant la construction des produits animaux,
• d’identifier quelques effets des principaux facteurs de variation en élevage sur ces mécanismes et caractéristiques.

Modalités d'évaluation :

Compte-rendu de travaux pratiques 

Volume horaire : 20.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Lecerf

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

• Introduction à l’oncogenèse
• Introduction à la toxicologie
• Approfondissement via analyse d’articles

Modalités d'évaluation :

Analyse d’articles scientifiques publiés 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : H. Nicolas, C. Walter

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Learn methods and techniques of spatial analysis of environments and landscapes
• Learn about methods for diagnosing environments
• Acquire or strengthen GIS skills
• Carry out a complete spatial analysis study inspired by a "quality" approach such that recommended in the C2I "Environmental professions"

Contenu de l'enseignement :

The course is divided into 2 interconnected parts:

1. Lectures and Practical (17h) delivered in English

• Principles of Remote Sensing (3h)
• Sampling for natural resources and geostatistics (6 h)
• Land surveying for digital elevation modelling (2h)
• Geophysics applied to soil (4h)
• Introduction to GIS concepts and techniques (2h)

2. Project by group work (28h) in French or English depending on the group

• Field work using crop sensors, geophysics, theodolites, GPS and drone imagery (12 h)
• Integration of field data into GIS and mapping (8 h) 
• Combination with existing databases and decision making (8h)
  Examples of projects: field management by precision agriculture, Soil survey of a farm,
  wetland delimitation within a watershed, high resolution mapping by proximal sensing

Modalités d'évaluation :

• Oral presentation of projects by working group
• Individual exam on table (short exercises)

Volume horaire : 24.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Baron

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'objectif de cette UC est les rôles des différents organismes intervenant dans le domaine de la sécurité alimentaire et pourrons décrire et/ou appliquer les dispositifs et/ou moyens permettant de garantir la salubrité des aliments. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC permet aux étudiants de mieux comprendre les enjeux de la sécurité sanitaire et d’analyser les stratégies mises en place par les industriels et les pouvoirs publics pour la garantir. 

Elle présente :

• un état des lieux des risques en sécurité sanitaire (micro-organismes, toxines, allergènes, métaux lourds, résidus chimiques, dioxine, nanoparticule…),
• les acteurs de la sécurité sanitaire (internationaux, communautaires et nationaux), leur rôle respectif et les moyens dont ils disposent pour garantir la salubrité des aliments.

Modalités d'évaluation :

Épreuve écrite individuelle (QCM)

Volume horaire : 26.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Baron

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC a pour objectif d’amener les étudiants à réfléchir sur les différentes étapes des procédés de fabrication des aliments et leurs conséquences sur les micro-organismes

Contenu de l'enseignement :

Le cours est basé sur les étapes qui permettent l’apport de micro-organismes, celles qui peuvent permettre leur développement et enfin celles qui sont spécifiquement destinées à les éliminer. La maîtrise de ces étapes par les industriels et leurs conséquences sur les micro-organismes (sélection de flores psychrotrophes, résistance à la température, stratégie de survie des micro-organismes : spores, biofilms, cellules viables non cultivables, quorum sensing…) sont particulièrement développés. L’étude de différents procédés de fabrication permettent aux étudiants de mobiliser leurs connaissances sur des cas concrets.

Modalités d'évaluation :

Épreuve écrite individuelle (étude de procédés). 

Volume horaire : 26.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'objectif de cette UC est présenter le secteur de l’emballage alimentaire, les principales fonctions des emballages, les matériaux ainsi que les interactions contenant-contenu. 

Contenu de l'enseignement :

Les enseignements sont pour moitié dispensés en cours / TD et pour le reste sous forme d’un document écrit. Des séances de l’emploi du temps sont réservées pour la conception d’un emballage (par groupe de 5-6 étudiants) qui fera l’objet de l’évaluation.
Une partie des enseignements est dispensé par Mr Varlet, ingénieur chez Breizpack. Une conférence d’un professionnel du secteur de l’emballage est également organisée si possible dans le cadre d’une visite d’une entreprise de fabrication d’emballage.

Modalités d'évaluation :

Rapport écrit par groupe d’étudiants autour du projet de développement d’un emballage et exposé oral devant l’ensemble du groupe.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Barloy, Y. Outreman, J. Haury

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UE permet aux étudiants d'acquérir une vision d'ensemble de l'état de l'art de la discipline et d'appliquer ses concepts à une question concrète. Elle propose en effet une optique d’application et comprendra des études de cas alliant des apprentissages méthodologiques d’écologie de terrain (méthodes d’échantillonnage, de relevés et d’inventaires) et de laboratoire (détermination, expérimentation). 

Contenu de l'enseignement :

Cet UE est structurée de la manière suivante :

• 30 heures de cours magistraux pour la présentation des concepts et exemples d’applications.
• 12 heures de sorties 'terrain'
• 6 heures pour la préparation et mise en œuvre d'une table ronde

Programme d'enseignement :

Partie A - Connaître et classer le vivant (10 h)

• Les origines de la vie et spéciation
• Notion d'espèce et classification du monde vivant
• Méthodes historiques et contemporaines d’analyse de la diversité du vivant

Partie B - Evolution et adaptation (10 h)

• Mécanismes de l'adaptation : plasticité et sélection
• L'évolution des phénotypes : les traits d'histoire de vie et les comportements
• Évoluer parmi (avec) les autres : la coévolution

Partie C - Les communautés d'espèces dans les écosystèmes (10 h)

• Quelles théories pour expliquer les communautés ?
• Les réseaux d'interactions : définition et approches
• Structure, fonction et stabilité des communautés 
• Fonctionnement des écosystèmes : de la vision énergétique à la vision biologique

Partie D - L'écologie opérationnelle (12h)
L'objectif de cette partie sera la mise en application des concepts via trois sorties 'terrain' :

• Sortie 1 - Biodiversité et adaptation. L'objectif de cette sortie est d'observer la diversité du vivant dans un milieu naturel et de comprendre les processus éco-évolutifs liés à la présence des espèces observées.
• Sortie 2 – Les invasions biologiques. L'objectif de cette sortie est d'identifier les caractéristiques des espèces invasives ("l'envahisseur type") et des milieux abritant ces espèces ("milieu envahissable type").
• Sortie 3 – Biodiversité et milieu urbain. L'objectif de cette sortie est de comprendre comment les espèces ont investi et se sont adaptées à un milieu extrême : la ville.

Partie E - Table ronde sur un sujet d'actualité (6h)
Les étudiants auront à préparer une table ronde (2h de préparation et 4h pour la table ronde) sur un sujet d'actualité. L'équipe pédagogique soutiendra les étudiants dans l'identification des personnes pouvant intervenir lors de cette rencontre. Pour l'année scolaire 2013-2014, le thème sera "Les invasions biologiques : conséquences écologiques, évolutives et économiques".

Modalités d'évaluation :

• Examen final
• QCM sur les connaissances acquises lors des sorties 'terrain'

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Husson

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Rendre les étudiants autonomes dans la construction et l'analyse de plans d'expériences classiques.

Contenu de l'enseignement :

• Rappels sur le modèle linéaire : Régression simple et multiple et analyse de variance à k facteurs croisés
• Intérêt de la planification expérimentale
• Plans complets : Propriétés, choix d’un modèle
• Plans fractionnaires : Détermination et/ou choix des confusions entre facteurs ; choix d'un plan complémentaire ; dépouillement
• Plans pour facteurs qualitatifs à nombre quelconque de modalités
• Plans pour facteurs quantitatifs : plans composites centrés ; plans de Box-Behnken ; analyse d'une surface de réponse
• Plans optimaux

Modalités d'évaluation :

Examen écrit sans documents ni calculatrice.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Laperche

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de compléter les approches théoriques de la planification expérimentale par leurs applications dans le domaine de l’agronomie, d’amener l’étudiant à être capable de choisir et proposer un plan expérimental en fonction de la question agronomique qui lui sera posée et des contraintes auxquelles il sera confronté en tant qu’expérimentateur.

Contenu de l'enseignement :

L'enseignement est réparties en :
- Cours magistraux : Présentation des caractéristiques des principaux plans d’expériences utilisés en
agronomie et leurs principes d’analyse (6h)

• Les dispositifs en blocs complets :
• Les plans à un facteur : Dispositif en blocs de Fisher, carré latin,
• Les plans à deux facteurs : plan factoriel, split-plot, criss-cross
• Les dispositifs en blocs incomplets : lattice et alpha-plans

- TD : Analyse de données obtenues pour les différents plans avec R (10h)
- Visite d’essais dans le centre INRAE du Rheu (2x4h)

Modalités d'évaluation :

Examen écrit sans documents ni calculatrice (1h).

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Husson

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Rendre les étudiants autonomes dans la construction et l'analyse de plans d'expériences classiques.

Contenu de l'enseignement :

• Rappels sur le modèle linéaire : Régression simple et multiple et analyse de variance à k facteurs croisés
• Intérêt de la planification expérimentale
• Plans complets : Propriétés, choix d’un modèle
• Plans fractionnaires : Détermination et/ou choix des confusions entre facteurs ; choix d'un plan complémentaire ; dépouillement
• Plans pour facteurs qualitatifs à nombre quelconque de modalités
• Plans pour facteurs quantitatifs : plans composites centrés ; plans de Box-Behnken ; analyse d'une surface de réponse
• Plans optimaux

Modalités d'évaluation :

Examen écrit sans documents ni calculatrice.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Husson

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'objectif de cette UC est de présenter les principales méthodologies statistiques utilisées en analyse sensorielle allant de la planification du recueil des données sensorielles jusqu'au traitement statistique des données.

Contenu de l'enseignement :

• Planification de séances de dégustation (maîtrise de l'effet du rang, de l'arrière-effet d'un produit, etc) : construction de plan en Blocs Incomplets Equilibrés, de plans optimaux, de plans équilibrés pour les voisinages
• Performance d'un jury ou d'un juge (répétabilité, reproductibilité, interaction juge-produit, etc.) : analyse de variance à effets aléatoires et mixtes.
• Construction d'espaces produits - stratégies multidimensionnelles : ACP, positionnement multidimensionnel
• Relation entre préférences de consommateur, évaluations d'experts, données techniques et physicochimiques : cartographie des préférences, segmentation des consommateurs

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Gouin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Comprendre et relier les outils d’analyse entre le marketing et la gestion de la production afin d’améliorer les performances industrielles et créer de la valeur ajoutée au produit (gestion catégorielle, réponse efficace aux consommateurs …)

Contenu de l'enseignement :

Cette UC met en relation les outils d’analyse et de compréhension des marchés alimentaires en termes de marketing et de gestion de la production. L’ECR, le supply chain management, le category management sont appréhendés dans la perspective de décisions stratégiques et commerciales des IAA. De nombreux exemples et études de cas sont présentés par des professionnels (PJD, Procter et Gamble etc.)

Modalités d'évaluation :

Évaluation par équipe sur la base d’un dossier thématique à partir de recherche bibliographique et entretiens auprès de professionnels. 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Le Floch-Fouéré

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquérir des connaissances élargies sur la gestion industrielle et la Supply Chain
• Concevoir une approche globale de la gestion des opérations, de la planification à long terme jusqu’à l'exécution et la livraison des produits et services associés

Contenu de l'enseignement :

• Introduction à la gestion de production et à l’entreprise agroalimentaire
• La gestion des nomenclatures et des gammes de fabrication
• Planification et ordonnancement
• La gestion des approvisionnements et des stocks dans le flux de production

Modalités d'évaluation :

Évaluation via des études de cas

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : J. Faure, C. Disenhaus

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Comprendre et appréhender les différentes positions de la société, ses attentes sur les sciences et productions animales
• Montrer comment les filières animales les prennent en compte et y répondent
• Permettre aux étudiants agronomes de porter un regard citoyen/consommateur sur les sciences et productions animales. 

Pré-requis :

L'UC est décomposé en 3 séquences : une séquence de « tronc commun », une séquence
« travaux pratiques » et une séquence transversale avec projets Les principes et bases théoriques
seront abordés sous forme de cours et/ou de ressources en ligne. Une ou plusieurs visite(s) viendront
illustrer ces approches.

Thématique d’enseignement de tronc commun :

1. Introduction : acceptabilité sociale de l’élevage. Définitions
2. Réglementation française et européenne aux niveaux de l’élevage, de l’animal et du produit : acteurs et processus ; réglementation sanitaire ; environnementale et bien-être animal (expérimentation, élevage, abattage).
3. Limites et avantages environnementaux de l’élevage (méthodologies développées et TD)
4. Concurrences et synergies territoriales
5. Filières, produits et labellisations : de l’animal aux produits
6. Vie d’animal/vie d’éleveur : la relation Homme animal en élevage
7. Communication des filières animales

Travaux pratiques :
Par groupe, vous devrez mettre en place un protocole expérimental pour étudier certains comportements des animaux en élevage (enregistrement de paramètres comportementaux dans des fermes expérimentales, sur modèles porcs, vaches et chèvres laitières) et appréhender les relations comportement-bien-être. 

Projet :
À partir d’une thématique d’actualité, vous devrez produire un support de communication adapté pour sensibiliser et éduquer le citoyen sur les questions touchant les animaux et l’élevage.

Modalités d'évaluation :

Examen final d’évaluation individuelle d’1 h qui vient compléter la note obtenue à l’issue de la séquence « travaux pratiques » et « projet ».

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : P. Legrand, V. Rioux

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquisition des connaissances et raisonnements nécessaires pour appréhender la nutrition humaine dans ses aspects cellulaires et moléculaires fondamentaux.
• Compréhension des aspects physiopathologiques liés à la nutrition.
• Étude des causes et facteurs (étiologie) des grandes pathologies nutritionnelles (obésité, maladies cardio-vasculaires, diabète, syndrome métabolique…).
• Problèmes de santé publique liés à la Nutrition. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC est composée de cours magistraux :

1. Besoins nutritionnels de l’homme, généralités
2. Physiologie du comportement alimentaire
3. Besoins énergétiques de l’homme
4. Besoins azotés
5. Besoins en acides gras
6. Besoins en eau
7. Besoins en minéraux
8. Besoins vitaminiques : liposolubles (ADEK), hydrosolubles (Bs, C)
9. Métabolisme intermédiaire
   a) Principales voies métaboliques
   b) Profil métabolique des principaux organes
   c) Régulation du métabolisme
10. Exemples d’adaptation métabolique : jeûne, naissance, sevrage, diabète de type 1
11. Bases moléculaires de l’obésité et syndrome métabolique
12. Bases moléculaires des maladies cardio-vasculaires

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle, examen final écrit, synthèse (2h)

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UE a pour objectif d’apporter une vision globale des différents modes de production des produits halieutiques (pêche et aquaculture) mais aussi de présenter les principales voies de transformation et de valorisation de cette production. Pour atteindre ces objectifs, les 3 domaines suivants seront déclinés :

• Ressources halieutiques et leur exploitation
• Principales filières aquacoles : techniques et maîtrise d’élevage
• Qualité et transformation des produits halieutiques

Contenu de l'enseignement :

Introduction
- Chiffres clés des secteurs Pêche & Aquaculture 6 h (2 h de CM, 4h TD)

Technologie des pêches 4h (2h CM, 2h conférences)

Production de pêche
- Volume, modes d’exploitation et état des ressources 4h (4h CM)

• Poissons pélagiques
• Poissons démersaux
• Invertébrés (crustacés, mollusques et autres)

Production aquacole 
- Maîtrise d’élevage et modes de production 12h (4h TD, 8h CM)

• Salmonidés vs poissons marins
• Mollusques
• Crustacés

Produits
- Santé publique et qualité 10h (6h CM et 2x4 hTD en ½ groupe)

• Composition biochimique et évolution du muscle
• Évaluation de la fraîcheur et de la qualité sanitaire

- Technologie halio-alimentaire 8h (8h CM)

Finalisation TD Aqua et restitution (4h)

Modalités d'évaluation :

Les étudiants seront évalués individuellement par un examen écrit de 2h portant sur les 3 domaines. Les TD chiffes clés en aquaculture et les présentations orales des TD « productions et filières aquacoles » seront également évalués.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Être autonome dans l’utilisation de R

Contenu de l'enseignement :

Suivi de la formation continue « Initiation à R »

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur, S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de permettre aux étudiants de mettre en œuvre, dans des situations concrètes inspirées de l’expérience des intervenants, une démarche standard d'analyse statistique de données génomiques. L'importance d'une interaction forte entre compétences biologiques et statistiques est l'un des messages importants de ce module. 

Contenu de l'enseignement :

Sur le plan méthodologique, les méthodes présentées ont un champ d'application qui dépasse celui de l'analyse de données génomiques ; elles sont utilisées de manière générique pour l'analyse de systèmes complexes observés par des technologies à haut-débit (IRM pour l'imagerie médicale, Spectrométrie Proche Infra-Rouge, ...). 

Programme d’enseignement :

• Introduction aux biotechnologies à haut-débit pour la génomique
• Sélection de gènes (i.e. Quels gènes sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions ?)
• Extraction de modules de gènes co-exprimés (i.e. Quels sont les gènes (ou individus) ayant un profil similaire ?)
• Interprétation biologique des listes de gènes préalablement identifiées (i.e. Quels sont les processus biologiques impactés par les conditions d’intérêt ?)
• Intégration de données génomiques multi-sources

Remarque : si le nombre d’étudiants/es est conséquent, des aménagements pédagogiques pourront être proposés prenant en compte les différences de parcours entre spécialisations à dominante « biologique » (BMC) versus « science de données ».
Une très large place sera donnée à la mise en œuvre d’un mini projet visant à répondre à une
question biologique à partir de l’analyse de données « omiques », Le mini-projet constituera au moins la moitié du volume horaire pour la/les spécialisations à dominante Biologique (SCMV voire autres comme SAED, SPV,…).

Forme pédagogique : cours, TD, projet 

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances (1h, sur table) + étude de cas en binôme (rapport 10 pages). 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Ropars

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

Certaines parties du module (Economie de l’environnement, droit général et droit de l’environnement) sont communes à tous les étudiants choisissant ce module, d’autres se font en parallèle (Economie des ressources ou Sociologie de l’environnement 1 ; Droit rural ou Droit des pêches ou Sociologie de l’environnement 2). L’architecture est présentée ci-dessous. Tous les étudiants (SHA, GE, POMAR) suivent  Economie  de  l’environnement  ,  Droit  général  et  Droit  de  l’environnement.  Les  étudiants POMAR  et  SHA  suivent  Economie  des  ressources,  pendant  que  les  étudiants  GE  suivent Construction sociale de l’environnement. Les étudiants POMAR suivent Droit rural, en parallèle, les étudiants SHA suivent Droit des pêches, et ceux GE Sociologie de l’environnement.

Programme :

Economie de l’environnement :

1. Principes d’économie de l’environnement : Notions de micro-économie- Biens publics, externalités, coûts privés et sociaux – Optimum économique et environnement 
2. Analyse économique des politiques environnementales : principe pollueur-payeur – Instruments économiques centralisés – Réglementation et normes – Gestion de l’environnement par le marché – Application à la politique de l’eau
3. Demande et évaluation de l’environnement : Intérêts et principes – Valeurs environnementales et consentement à payer – Principes et méthodes – limites de l’évaluation – Analyses Coûts bénéfices

Economie des ressources naturelles : 

1. Principes d’économie des ressources : Biens communs et  externalités.
2. Equilibre biologique croissance-prélèvement
3. Libre accès aux ressources 
4. Exploitation optimale et instruments économiques

Droit général :

1. Définitions, classifications, sources et intérêts des règles de droit,
2. Organisation judiciaire (droit privé/ droit public / tribunaux classiques et juridictions spéciales),
3. Droit des biens et droit de propriété – principe –abus de droit de propriété – démembrement du droit de propriété – troubles anormaux du voisinage –responsabilité sans faute
4. Introduction au droit des obligations – origine -  intérêt et limites des contrats.

Droit de l’environnement :

1. La politique  agro-environnementale
2. Vision environnementale de  l’agriculture durable
3. Développement durable principes et gouvernance
4. Définition et principes du droit de l’environnement (principes pollueur payeur/ précaution/ correction par priorités à la source/ prévention
5. Natura 2000, compensation écologique, écophyto, Parcs Naturels Régionaux (grands principes, procédure et intérêts pour l’agriculture : points à développer plus ou moins à la demande)

Droit rural : 

1. Le contrôle des structures – le statut de l’agriculteur au centre du débat -régulation du marché foncier- principe de cogestion, intérêts et limites, 
2. L’installation en agriculture - modalités historiques et actuelles – actions de l’Etat – agriculture et espace rural,  
3. La SAFER – origine –rôle – fonctionnement – évolutions actuelles et prévisibles
4. Les baux ruraux – définition- principe et exceptions – fonctionnement – intérêts et limites – particularisme français? – rapprochement agriculture / commerce/ environnement....

Droit des pêches : Evolution du droit international et de la mer – Régime juridique de pêches dans le cadre de l’UE (PCP, articulation droit communautaire / droit national) – Régime d’occupation des PDM - ..... ?

Sociologie de l’environnement 1:

(Première partie) L’environnement : dimension conceptuelle, normative et socioculturelle

1. Cours 1 : Objectifs, cas d’étude (biodiversité, nature en ville, biens publics), cadre d’analyse sociologique.
2. Cours 2 : A partir d’un article sur la biodiversité « La biodiversité est-elle encore naturelle ? » (A. Micoud, 2005). Identification des registres conceptuel, normatif et socioculturel associés à la biodiversité.
3. Cours 3 : Sélection d’articles sur la thématique de la nature en ville et sur les biens publics associant des entrées conceptuelle, normative et socioculturelle.

Conclusion : Application à un cas d’étude en cours et mise en œuvre de ces approches dans les futurs travaux et les situations professionnelles des étudiants,

Sociologie de l’environnement 2 :

(Seconde Partie :) La lente construction de l’approche sociologique de l’environnement 

1. Cours 1 : La lente reconnaissance des sciences sociales parmi les sciences de l’environnement ; Exemple de la place de la sociologie de l’environnement.
2. Cours 2 : Analyse des cas d’étude : Natura 2000 (historique, blocage, recours des sciences sociales, situation actuelle) ; Mise en place des trames vertes à l’échelle nationale (place des arguments écologiques, climatologique et sociologiques dans les SRCE).
3. Cours 3 : Montée en généralité à partir de l’entrée des questions environnementale dans la sphère sociale : historique de la prise en charge politique et experte de l’environnement depuis les années 1970.

Conclusion : Dispositifs de recherche interdisciplinaires et démocratie technique. 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit de 2 heures.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Val, C. Bissuel, C. Le May

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de montrer comment la connaissance de la biologie et de l’écologie des différents bioagresseurs et de la physiologie des plantes cultivées permet d’établir le diagnostic agronomique et phytosanitaire d’un système biologique pour :

• le comprendre,
• hiérarchiser les facteurs limitants,
• mieux le piloter,
• y apporter des mesures correctives si nécessaire.

Contenu de l'enseignement :

Introduction à la notion de diagnostic agronomique et phytosanitaire : concepts, démarche et usage (2h)

1^re partie : Acquisition de connaissances (cours + conférences +TD/TP : 30h)

• Biologie des bioagresseurs (ravageurs et agents pathogènes)
• Écophysiologie des plantes cultivées : indicateurs de développement des plantes et de fonctionnement du couvert végétal face à un stress biotique ou nutritionnel

2^e partie : Mise en œuvre d’une démarche de diagnostic in situ à partir de l’étude d’un cas réel à l’échelle d’une parcelle cultivée et de son environnement (16h ou 18h)

• Sur le terrain : dans des parcelles cultivées, mesures in situ pour évaluer les facteurs limitants (bioagresseurs ou nutritionnel) d’une culture et échantillonnage.
• En laboratoire sous forme d’ateliers : analyse des échantillons récoltés : identification de bioagresseurs, évaluation des symptômes, analyse des impacts sur les composantes de rendement….
• Analyse et synthèse des résultats de la situation étudiée (travail inter-ateliers)
• Identification des points techniques à améliorer afin de proposer une solution adaptée

Conférences de clôture 2h ou 4h (en fonction des intervenants)

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle sous forme d’un écrit (2/3 note) et par groupe à l’oral (1/3 de la note) 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : E. Beauchamp, V. Rioux

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC vise à approfondir les connaissances des molécules biologiques (protéines et lipides), de leur métabolisme et de leur importance pour la santé. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC permet d’abord de renforcer les bases théoriques de la Biologie appliquée à la santé (métabolisme, enzymologie, lien avec les pathologies) et fait ensuite une large place à l’expérimentation pour étudier :

• l’effet d’un déséquilibre nutritionnel en lipides entraînant un dysfonctionnement métabolique préjudiciable pour la santé
• une protéine impliquée dans l’apparition d’une pathologie humaine. 

L'enseignement est divisé en 2 parties :

Partie 1 « Protéines et santé » (24h)

• Cours (6h) : méthodologies expérimentales en biologie des protéines (2h), mode d’action des enzymes (2h), régulations des fonctions cellulaires par les protéines (2h)
• Expérimentation (18h) : Extraction et purification d’une enzyme impliquée dans une pathologie humaine (xanthine oxydase). Les différentes méthodologies mises en œuvre sont la chromatographie d’exclusion et d’affinité, l’électrophorèse, l’immunoblot, le dosage d’activité enzymatique et la détermination de constantes enzymologiques.
• Interprétation des résultats obtenus et méthode de rédaction d’un article scientifique

Partie 2 « Lipides et santé » (24h)

• Cours (4h) : méthodologies expérimentales en biologie des lipides (2h) et digestion des lipides (2h)
• Expérimentation (18h) : Trois régimes sont administrés à des rats pendant 3 semaines: un régime sans lipide (lipidoprive), un régime contenant de l’huile d’arachide et un régime contenant de l’huile de lin. Le métabolisme des lipides au niveau hépatique est ensuite analysé puis discuté sur la base des recommandations de l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation) concernant les apports nutritionnels conseillés pour la population française.
• Analyse et interprétation des résultats obtenus (2h) 

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite personnelle sous la forme d’un article scientifique décrivant les résultats expérimentaux.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Connaissance des filières (aspects techniques, économiques, sociologiques) 

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement essentiellement constitué de cours magistraux présentera les produits des filières suivantes :

• Le lait et les produits laitiers (11h) : composition et microbiologie du lait matière première, laits de consommation, laits fermentés, fromage, crème et beurre.
• La viande et les produits carnés (5h): biochimie du muscle et transformation du muscle en viande, stabilisation de la viande (réfrigération et cuisson), produits de charcuterie.
• Les œufs et les ovoproduits (8h) : structure et composition de l’œuf de poule, critères qualitatifs, valeur nutritionnelle, propriétés techno-fonctionnelles, technologie de fabrication des ovoproduits, microbiologie de l’œuf et des ovoproduits.

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Connaissance des filières (aspects techniques, économiques, sociologiques)

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement essentiellement constitué de cours magistraux présentera les produits des filières suivantes :

• Biochimie et technologie des céréales appliquées à la panification - biscuiterie (8h) : les constituants de la farine (amidon, gluten), bases de la panification et qualité du pain ; les procédés spécifiques de la biscuiterie.
• Biochimie et technologie des fruits et légumes (10h) : conservation des fruits et légumes sous atmosphère modifiée, technologie en brasserie, technologie des jus de fruits, technologie de vinification
• Biochimie et technologie des ingrédients d’origine végétale (6h) : matières grasses, sucre

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de découvrir les contraintes d’une filière par le biais de la qualité, de la production au produit fini. 

Contenu de l'enseignement :

Le programme des cours est le suivant :

• Viticulture et réglementation
• Notions de terroirs viticoles
• Place des vignobles français sur le marché des vins
• Divers types de vinification
• Œnologie : initiation à la dégustation

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur

Langue d'enseignement : Anglais

Objectifs :

In many scientific issues, especially in biostatistics, marketing or consumer studies, predicting a group membership raises many statistical challenges: how to learn a classification rule from data? how to assess the risk of a misclassification error? how to avoid optimism bias in the assessment of the prediction performance? The course provides elements to answer these questions. 

By the end of this course, students will be able to:

• Implement statistical methods for making decision rules;
• Compare leading procedures based on statistical arguments;
• Assess the performance of a decision rule;
• Apply these key insights into class activities using a statistical software.

Contenu de l'enseignement :

The course introduces usual classification methods and provides the basics of statistics for managing the risk of decision errors. The presentation of the statistical theory is reduced to its essentials in 2 hour lectures, one for each of four topics. For each lecture, 3-hour class activities consisting in solving standard problems using a free data analysis software (R, see r project.org) is privileged.

Lectures:

1. Significance of an effect on a group membership
2. Prediction of a group membership from a multivariate profile
3. Selection of most relevant risk factors
4. How to control the risks of decision errors?

Computer lab:
The lectures all take place in a computer room, in order the favor the straightforward illustration of new statistical concepts by their implementation in case studies in animal and plant science, consumer science, …. The only statistical software used for data analysis is R.

Case study:
For each lab session, new issues in animal or plant science, agrifood industry, consumer science, … are introduced with corresponding data.

Modalités d'évaluation :

1h written exam (all documents freely available) presenting a case study in which questions are inserted to evaluate the ability of the student to make the right methodological choices, fit a decision rule from data and assess its performance.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Largouët

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Donner la capacité d’intégrer, d’organiser et d’interroger des données hétérogènes en vue d’une analyse et d’une diffusion du résultat. 

Contenu de l'enseignement :

• Origines et formats de données
• Tri et organisation des données hétérogènes
• Structuration et exploration des données (bases de données avancées, langage SQL)
• Diffusion de données 

Modalités d'évaluation :

Évaluation sur projet encadré

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur

Langue d'enseignement : Anglais

Objectifs :

In many scientific issues, especially in biostatistics, marketing or consumer studies, predicting a group membership raises many statistical challenges: how to learn a classification rule from data? how to assess the risk of a misclassification error? how to avoid optimism bias in the assessment of the prediction performance? The course provides elements to answer these questions. 

By the end of this course, students will be able to:

• Implement statistical methods for making decision rules;
• Compare leading procedures based on statistical arguments;
• Assess the performance of a decision rule;
• Apply these key insights into class activities using a statistical software.

Contenu de l'enseignement :

The course introduces usual classification methods and provides the basics of statistics for managing the risk of decision errors. The presentation of the statistical theory is reduced to its essentials in 2 hour lectures, one for each of four topics. For each lecture, 3-hour class activities consisting in solving standard problems using a free data analysis software (R, see r project.org) is privileged.

Lectures:

1. Significance of an effect on a group membership
2. Prediction of a group membership from a multivariate profile
3. Selection of most relevant risk factors
4. How to control the risks of decision errors?

Computer lab:
The lectures all take place in a computer room, in order the favor the straightforward illustration of new statistical concepts by their implementation in case studies in animal and plant science, consumer science, …. The only statistical software used for data analysis is R.

Case study:
For each lab session, new issues in animal or plant science, agrifood industry, consumer science, … are introduced with corresponding data.

Modalités d'évaluation :

1h written exam (all documents freely available) presenting a case study in which questions are inserted to evaluate the ability of the student to make the right methodological choices, fit a decision rule from data and assess its performance.