Agriculture • Alimentation • Environnement

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UE a pour objectif d’apporter une vision globale des différents modes de production des produits halieutiques (pêche et aquaculture) mais aussi de présenter les principales voies de transformation et de valorisation de cette production. Pour atteindre ces objectifs, les 3 domaines suivants seront déclinés :

• Ressources halieutiques et leur exploitation
• Principales filières aquacoles : techniques et maîtrise d’élevage
• Qualité et transformation des produits halieutiques

Contenu de l'enseignement :

Introduction
- Chiffres clés des secteurs Pêche & Aquaculture 6 h (2 h de CM, 4h TD)

Technologie des pêches 4h (2h CM, 2h conférences)

Production de pêche
- Volume, modes d’exploitation et état des ressources 4h (4h CM)

• Poissons pélagiques
• Poissons démersaux
• Invertébrés (crustacés, mollusques et autres)

Production aquacole 
- Maîtrise d’élevage et modes de production 12h (4h TD, 8h CM)

• Salmonidés vs poissons marins
• Mollusques
• Crustacés

Produits
- Santé publique et qualité 10h (6h CM et 2x4 hTD en ½ groupe)

• Composition biochimique et évolution du muscle
• Évaluation de la fraîcheur et de la qualité sanitaire

- Technologie halio-alimentaire 8h (8h CM)

Finalisation TD Aqua et restitution (4h)

Modalités d'évaluation :

Les étudiants seront évalués individuellement par un examen écrit de 2h portant sur les 3 domaines. Les TD chiffes clés en aquaculture et les présentations orales des TD « productions et filières aquacoles » seront également évalués.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Être autonome dans l’utilisation de R

Contenu de l'enseignement :

Suivi de la formation continue « Initiation à R »

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur, S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de permettre aux étudiants de mettre en œuvre, dans des situations concrètes inspirées de l’expérience des intervenants, une démarche standard d'analyse statistique de données génomiques. L'importance d'une interaction forte entre compétences biologiques et statistiques est l'un des messages importants de ce module. 

Contenu de l'enseignement :

Sur le plan méthodologique, les méthodes présentées ont un champ d'application qui dépasse celui de l'analyse de données génomiques ; elles sont utilisées de manière générique pour l'analyse de systèmes complexes observés par des technologies à haut-débit (IRM pour l'imagerie médicale, Spectrométrie Proche Infra-Rouge, ...). 

Programme d’enseignement :

• Introduction aux biotechnologies à haut-débit pour la génomique
• Sélection de gènes (i.e. Quels gènes sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions ?)
• Extraction de modules de gènes co-exprimés (i.e. Quels sont les gènes (ou individus) ayant un profil similaire ?)
• Interprétation biologique des listes de gènes préalablement identifiées (i.e. Quels sont les processus biologiques impactés par les conditions d’intérêt ?)
• Intégration de données génomiques multi-sources

Remarque : si le nombre d’étudiants/es est conséquent, des aménagements pédagogiques pourront être proposés prenant en compte les différences de parcours entre spécialisations à dominante « biologique » (BMC) versus « science de données ».
Une très large place sera donnée à la mise en œuvre d’un mini projet visant à répondre à une
question biologique à partir de l’analyse de données « omiques », Le mini-projet constituera au moins la moitié du volume horaire pour la/les spécialisations à dominante Biologique (SCMV voire autres comme SAED, SPV,…).

Forme pédagogique : cours, TD, projet 

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances (1h, sur table) + étude de cas en binôme (rapport 10 pages). 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition de connaissances et de compétences concernant l’amélioration génétique des espèces d’élevages.

Contenu de l'enseignement :

 L'enseignement est composé de 4 parties :

1. Les bases de la génétique quantitative
2. L’évaluation génétique et le progrès génétique
3. L'organisation de la sélection et le croisement
4. La sélection génomique

L’acquisition des connaissances théoriques est complétée par un TD (6h) permettant aux étudiants de prendre le rôle d’un éleveur sélectionneur de bovins allaitants. Une rencontre avec des professionnels est également prévue. 

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A.-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’enjeu de cette UC est de :

1. resituer les exploitations agricoles au sein des territoires et filières et de comprendre leur fonctionnement ;
2. développer une démarche d’analyse des systèmes étudiés afin d’identifier des pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle, de mettre en place de nouvelles pratiques et de les évaluer. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC s’appuie sur des apports théoriques disciplinaires visant à définir et illustrer l’agroécologie et l’écologie industrielle dans les productions animales mais aussi des apports méthodologiques (intervenants : A.-L. Jacquot, Y. Le Cozler, L. Montagne).

Ces apports permettront ensuite une mise en situation (illustrations par des cas d’études et mise en place de pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle) (intervenantes : A.-L. Jacquot, L. Montagne). 

Modalités d'évaluation :

Projet avec présentation orale + examen écrit

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Largouët

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Donner la capacité d’intégrer, d’organiser et d’interroger des données hétérogènes en vue d’une analyse et d’une diffusion du résultat. 

Contenu de l'enseignement :

• Origines et formats de données
• Tri et organisation des données hétérogènes
• Structuration et exploration des données (bases de données avancées, langage SQL)
• Diffusion de données 

Modalités d'évaluation :

Évaluation sur projet encadré

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur

Langue d'enseignement : Anglais

Objectifs :

In many scientific issues, especially in biostatistics, marketing or consumer studies, predicting a group membership raises many statistical challenges: how to learn a classification rule from data? how to assess the risk of a misclassification error? how to avoid optimism bias in the assessment of the prediction performance? The course provides elements to answer these questions. 

By the end of this course, students will be able to:

• Implement statistical methods for making decision rules;
• Compare leading procedures based on statistical arguments;
• Assess the performance of a decision rule;
• Apply these key insights into class activities using a statistical software.

Contenu de l'enseignement :

The course introduces usual classification methods and provides the basics of statistics for managing the risk of decision errors. The presentation of the statistical theory is reduced to its essentials in 2 hour lectures, one for each of four topics. For each lecture, 3-hour class activities consisting in solving standard problems using a free data analysis software (R, see r project.org) is privileged.

Lectures:

1. Significance of an effect on a group membership
2. Prediction of a group membership from a multivariate profile
3. Selection of most relevant risk factors
4. How to control the risks of decision errors?

Computer lab:
The lectures all take place in a computer room, in order the favor the straightforward illustration of new statistical concepts by their implementation in case studies in animal and plant science, consumer science, …. The only statistical software used for data analysis is R.

Case study:
For each lab session, new issues in animal or plant science, agrifood industry, consumer science, … are introduced with corresponding data.

Modalités d'évaluation :

1h written exam (all documents freely available) presenting a case study in which questions are inserted to evaluate the ability of the student to make the right methodological choices, fit a decision rule from data and assess its performance.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Connaissance des filières (aspects techniques, économiques, sociologiques) 

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement essentiellement constitué de cours magistraux présentera les produits des filières suivantes :

• Le lait et les produits laitiers (11h) : composition et microbiologie du lait matière première, laits de consommation, laits fermentés, fromage, crème et beurre.
• La viande et les produits carnés (5h): biochimie du muscle et transformation du muscle en viande, stabilisation de la viande (réfrigération et cuisson), produits de charcuterie.
• Les œufs et les ovoproduits (8h) : structure et composition de l’œuf de poule, critères qualitatifs, valeur nutritionnelle, propriétés techno-fonctionnelles, technologie de fabrication des ovoproduits, microbiologie de l’œuf et des ovoproduits.

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Connaissance des filières (aspects techniques, économiques, sociologiques)

Contenu de l'enseignement :

L’enseignement essentiellement constitué de cours magistraux présentera les produits des filières suivantes :

• Biochimie et technologie des céréales appliquées à la panification - biscuiterie (8h) : les constituants de la farine (amidon, gluten), bases de la panification et qualité du pain ; les procédés spécifiques de la biscuiterie.
• Biochimie et technologie des fruits et légumes (10h) : conservation des fruits et légumes sous atmosphère modifiée, technologie en brasserie, technologie des jus de fruits, technologie de vinification
• Biochimie et technologie des ingrédients d’origine végétale (6h) : matières grasses, sucre

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin, V. Lechevalier

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de découvrir les contraintes d’une filière par le biais de la qualité, de la production au produit fini. 

Contenu de l'enseignement :

Le programme des cours est le suivant :

• Viticulture et réglementation
• Notions de terroirs viticoles
• Place des vignobles français sur le marché des vins
• Divers types de vinification
• Œnologie : initiation à la dégustation

Modalités d'évaluation :

Examen individuel écrit (1h)

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur

Langue d'enseignement : Anglais

Objectifs :

In many scientific issues, especially in biostatistics, marketing or consumer studies, predicting a group membership raises many statistical challenges: how to learn a classification rule from data? how to assess the risk of a misclassification error? how to avoid optimism bias in the assessment of the prediction performance? The course provides elements to answer these questions. 

By the end of this course, students will be able to:

• Implement statistical methods for making decision rules;
• Compare leading procedures based on statistical arguments;
• Assess the performance of a decision rule;
• Apply these key insights into class activities using a statistical software.

Contenu de l'enseignement :

The course introduces usual classification methods and provides the basics of statistics for managing the risk of decision errors. The presentation of the statistical theory is reduced to its essentials in 2 hour lectures, one for each of four topics. For each lecture, 3-hour class activities consisting in solving standard problems using a free data analysis software (R, see r project.org) is privileged.

Lectures:

1. Significance of an effect on a group membership
2. Prediction of a group membership from a multivariate profile
3. Selection of most relevant risk factors
4. How to control the risks of decision errors?

Computer lab:
The lectures all take place in a computer room, in order the favor the straightforward illustration of new statistical concepts by their implementation in case studies in animal and plant science, consumer science, …. The only statistical software used for data analysis is R.

Case study:
For each lab session, new issues in animal or plant science, agrifood industry, consumer science, … are introduced with corresponding data.

Modalités d'évaluation :

1h written exam (all documents freely available) presenting a case study in which questions are inserted to evaluate the ability of the student to make the right methodological choices, fit a decision rule from data and assess its performance.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : E. Beauchamp, V. Rioux

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UC vise à approfondir les connaissances des molécules biologiques (protéines et lipides), de leur métabolisme et de leur importance pour la santé. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC permet d’abord de renforcer les bases théoriques de la Biologie appliquée à la santé (métabolisme, enzymologie, lien avec les pathologies) et fait ensuite une large place à l’expérimentation pour étudier :

• l’effet d’un déséquilibre nutritionnel en lipides entraînant un dysfonctionnement métabolique préjudiciable pour la santé
• une protéine impliquée dans l’apparition d’une pathologie humaine. 

L'enseignement est divisé en 2 parties :

Partie 1 « Protéines et santé » (24h)

• Cours (6h) : méthodologies expérimentales en biologie des protéines (2h), mode d’action des enzymes (2h), régulations des fonctions cellulaires par les protéines (2h)
• Expérimentation (18h) : Extraction et purification d’une enzyme impliquée dans une pathologie humaine (xanthine oxydase). Les différentes méthodologies mises en œuvre sont la chromatographie d’exclusion et d’affinité, l’électrophorèse, l’immunoblot, le dosage d’activité enzymatique et la détermination de constantes enzymologiques.
• Interprétation des résultats obtenus et méthode de rédaction d’un article scientifique

Partie 2 « Lipides et santé » (24h)

• Cours (4h) : méthodologies expérimentales en biologie des lipides (2h) et digestion des lipides (2h)
• Expérimentation (18h) : Trois régimes sont administrés à des rats pendant 3 semaines: un régime sans lipide (lipidoprive), un régime contenant de l’huile d’arachide et un régime contenant de l’huile de lin. Le métabolisme des lipides au niveau hépatique est ensuite analysé puis discuté sur la base des recommandations de l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation) concernant les apports nutritionnels conseillés pour la population française.
• Analyse et interprétation des résultats obtenus (2h) 

Modalités d'évaluation :

Évaluation écrite personnelle sous la forme d’un article scientifique décrivant les résultats expérimentaux.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : F. Val, C. Bissuel, C. Le May

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de montrer comment la connaissance de la biologie et de l’écologie des différents bioagresseurs et de la physiologie des plantes cultivées permet d’établir le diagnostic agronomique et phytosanitaire d’un système biologique pour :

• le comprendre,
• hiérarchiser les facteurs limitants,
• mieux le piloter,
• y apporter des mesures correctives si nécessaire.

Contenu de l'enseignement :

Introduction à la notion de diagnostic agronomique et phytosanitaire : concepts, démarche et usage (2h)

1^re partie : Acquisition de connaissances (cours + conférences +TD/TP : 30h)

• Biologie des bioagresseurs (ravageurs et agents pathogènes)
• Écophysiologie des plantes cultivées : indicateurs de développement des plantes et de fonctionnement du couvert végétal face à un stress biotique ou nutritionnel

2^e partie : Mise en œuvre d’une démarche de diagnostic in situ à partir de l’étude d’un cas réel à l’échelle d’une parcelle cultivée et de son environnement (16h ou 18h)

• Sur le terrain : dans des parcelles cultivées, mesures in situ pour évaluer les facteurs limitants (bioagresseurs ou nutritionnel) d’une culture et échantillonnage.
• En laboratoire sous forme d’ateliers : analyse des échantillons récoltés : identification de bioagresseurs, évaluation des symptômes, analyse des impacts sur les composantes de rendement….
• Analyse et synthèse des résultats de la situation étudiée (travail inter-ateliers)
• Identification des points techniques à améliorer afin de proposer une solution adaptée

Conférences de clôture 2h ou 4h (en fonction des intervenants)

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle sous forme d’un écrit (2/3 note) et par groupe à l’oral (1/3 de la note) 

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Ropars

Langue d'enseignement : Français

Contenu de l'enseignement :

Certaines parties du module (Economie de l’environnement, droit général et droit de l’environnement) sont communes à tous les étudiants choisissant ce module, d’autres se font en parallèle (Economie des ressources ou Sociologie de l’environnement 1 ; Droit rural ou Droit des pêches ou Sociologie de l’environnement 2). L’architecture est présentée ci-dessous. Tous les étudiants (SHA, GE, POMAR) suivent  Economie  de  l’environnement  ,  Droit  général  et  Droit  de  l’environnement.  Les  étudiants POMAR  et  SHA  suivent  Economie  des  ressources,  pendant  que  les  étudiants  GE  suivent Construction sociale de l’environnement. Les étudiants POMAR suivent Droit rural, en parallèle, les étudiants SHA suivent Droit des pêches, et ceux GE Sociologie de l’environnement.

Programme :

Economie de l’environnement :

1. Principes d’économie de l’environnement : Notions de micro-économie- Biens publics, externalités, coûts privés et sociaux – Optimum économique et environnement 
2. Analyse économique des politiques environnementales : principe pollueur-payeur – Instruments économiques centralisés – Réglementation et normes – Gestion de l’environnement par le marché – Application à la politique de l’eau
3. Demande et évaluation de l’environnement : Intérêts et principes – Valeurs environnementales et consentement à payer – Principes et méthodes – limites de l’évaluation – Analyses Coûts bénéfices

Economie des ressources naturelles : 

1. Principes d’économie des ressources : Biens communs et  externalités.
2. Equilibre biologique croissance-prélèvement
3. Libre accès aux ressources 
4. Exploitation optimale et instruments économiques

Droit général :

1. Définitions, classifications, sources et intérêts des règles de droit,
2. Organisation judiciaire (droit privé/ droit public / tribunaux classiques et juridictions spéciales),
3. Droit des biens et droit de propriété – principe –abus de droit de propriété – démembrement du droit de propriété – troubles anormaux du voisinage –responsabilité sans faute
4. Introduction au droit des obligations – origine -  intérêt et limites des contrats.

Droit de l’environnement :

1. La politique  agro-environnementale
2. Vision environnementale de  l’agriculture durable
3. Développement durable principes et gouvernance
4. Définition et principes du droit de l’environnement (principes pollueur payeur/ précaution/ correction par priorités à la source/ prévention
5. Natura 2000, compensation écologique, écophyto, Parcs Naturels Régionaux (grands principes, procédure et intérêts pour l’agriculture : points à développer plus ou moins à la demande)

Droit rural : 

1. Le contrôle des structures – le statut de l’agriculteur au centre du débat -régulation du marché foncier- principe de cogestion, intérêts et limites, 
2. L’installation en agriculture - modalités historiques et actuelles – actions de l’Etat – agriculture et espace rural,  
3. La SAFER – origine –rôle – fonctionnement – évolutions actuelles et prévisibles
4. Les baux ruraux – définition- principe et exceptions – fonctionnement – intérêts et limites – particularisme français? – rapprochement agriculture / commerce/ environnement....

Droit des pêches : Evolution du droit international et de la mer – Régime juridique de pêches dans le cadre de l’UE (PCP, articulation droit communautaire / droit national) – Régime d’occupation des PDM - ..... ?

Sociologie de l’environnement 1:

(Première partie) L’environnement : dimension conceptuelle, normative et socioculturelle

1. Cours 1 : Objectifs, cas d’étude (biodiversité, nature en ville, biens publics), cadre d’analyse sociologique.
2. Cours 2 : A partir d’un article sur la biodiversité « La biodiversité est-elle encore naturelle ? » (A. Micoud, 2005). Identification des registres conceptuel, normatif et socioculturel associés à la biodiversité.
3. Cours 3 : Sélection d’articles sur la thématique de la nature en ville et sur les biens publics associant des entrées conceptuelle, normative et socioculturelle.

Conclusion : Application à un cas d’étude en cours et mise en œuvre de ces approches dans les futurs travaux et les situations professionnelles des étudiants,

Sociologie de l’environnement 2 :

(Seconde Partie :) La lente construction de l’approche sociologique de l’environnement 

1. Cours 1 : La lente reconnaissance des sciences sociales parmi les sciences de l’environnement ; Exemple de la place de la sociologie de l’environnement.
2. Cours 2 : Analyse des cas d’étude : Natura 2000 (historique, blocage, recours des sciences sociales, situation actuelle) ; Mise en place des trames vertes à l’échelle nationale (place des arguments écologiques, climatologique et sociologiques dans les SRCE).
3. Cours 3 : Montée en généralité à partir de l’entrée des questions environnementale dans la sphère sociale : historique de la prise en charge politique et experte de l’environnement depuis les années 1970.

Conclusion : Dispositifs de recherche interdisciplinaires et démocratie technique. 

Modalités d'évaluation :

Examen écrit de 2 heures.

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : P. Legrand, V. Rioux

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Acquisition des connaissances et raisonnements nécessaires pour appréhender la nutrition humaine dans ses aspects cellulaires et moléculaires fondamentaux.
• Compréhension des aspects physiopathologiques liés à la nutrition.
• Étude des causes et facteurs (étiologie) des grandes pathologies nutritionnelles (obésité, maladies cardio-vasculaires, diabète, syndrome métabolique…).
• Problèmes de santé publique liés à la Nutrition. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC est composée de cours magistraux :

1. Besoins nutritionnels de l’homme, généralités
2. Physiologie du comportement alimentaire
3. Besoins énergétiques de l’homme
4. Besoins azotés
5. Besoins en acides gras
6. Besoins en eau
7. Besoins en minéraux
8. Besoins vitaminiques : liposolubles (ADEK), hydrosolubles (Bs, C)
9. Métabolisme intermédiaire
   a) Principales voies métaboliques
   b) Profil métabolique des principaux organes
   c) Régulation du métabolisme
10. Exemples d’adaptation métabolique : jeûne, naissance, sevrage, diabète de type 1
11. Bases moléculaires de l’obésité et syndrome métabolique
12. Bases moléculaires des maladies cardio-vasculaires

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle, examen final écrit, synthèse (2h)