Le champignon Alternaria dauci (Ad) provoque chez la carotte une maladie foliaire très préjudiciable, qui peut empêcher toute récolte. Cette maladie est répandue dans toutes les zones du globe où l’espèce est cultivée. Développer des variétés de carottes suffisamment résistantes pour éviter l’utilisation de fongicides potentiellement nuisibles à l’environnement est donc un enjeu majeur.
Pour cela, un collectif impliquant des enseignants-chercheurs de l’école a comparé des variétés de carottes sensibles et résistantes au champignon et identifié des métabolites, notamment des flavonoïdes et des terpènes, qui pourraient expliquer cette résistance. Grâce à des approches génomiques, l’équipe a également découvert des gènes responsables de l’accumulation de ces molécules chez les plantes résistantes. Différentes variétés de carottes ont également été étudiées sur plusieurs années et dans diverses conditions environnementales, en observant comment ces molécules s’accumulent au cours du développement de la plante, comment elles agissent sur le champignon et comment elles interagissent avec la plante lorsqu’elles sont ajoutées de l’extérieur. Ces molécules ont été purifiées et testées in vitro et sur les plantes. Certaines bloquent le développement du champignon, tandis que d’autres, de manière surprenante, le stimulent ! Il est probable qu’une coévolution ait eu lieu entre le champignon et la carotte, chaque organisme développant des stratégies pour contrer l’autre et ainsi de suite.
Des cals de plantes sensibles transformées avec les gènes des plantes résistantes accumulent, comme cela était espéré, une quantité plus élevée de flavonoïdes que les plantes non transformées. Les extraits de ces cals témoins sont, selon les constructions, soit stimulants, soit toxiques pour le champignon. Les molécules qui stimulent le champignon pourraient avoir été développées par la plante pour « épuiser » son agresseur.
Des analyses futures permettront de mieux comprendre ces mécanismes. Ces connaissances aideront les sélectionneurs à orienter leurs programmes de sélection vers les combinaisons génétiques favorables et à choisir les génotypes de carottes riches en molécules d’intérêt pour créer des variétés plus résistantes.